Balai Pembibitan Ternak Unggul dah Hijauan Pakan Ternak Indrapuri-Aceh pertama kali didirikan bernama Balai Pembibitan Ternak dan Hijauan Makanan Ternak (BPT dan HMT) oleh drh. Mohd. Roesli Yusuf (Alm), Kadis Peternakan dan Kakanwil Deptan Provinsi DI Aceh yang merupakan lanjutan dan pilot proyek (small holder) milik Dinas Peternakan Tk. I Provinsi Aceh dengan SK Mentan Nomor: 313/Kpts/Org/5/1978 pada tanggal 25 Mei 1978.

Balai ini didirikan di atas lahan seluas 430 Ha (sertifikat No.1 tahun 1983 dikeluarkan oleh Badan Pertanahan Aceh Besar) di Desa Reukih Dayah Kecamatan Indrapuri Aceh Besar. Selanjutnya pada tahun 2002 BPT dan HMT berubah namanya menjadi Balai Pembibitan Ternak Unggul (BPTU) Sapi Aceh Indrapuri – NAD dengan adanya SK Mentan No. 282/Kpts/TU. 210/4/2002 tanggal 6 April 2002.

Dalam perkembangannya BPTU Sapi Aceh Indrapuri – Aceh terjadi pasang surut akibat konflik yang berkepanjangan di Aceh dan musibah tsunami(2004) yang sangat berpengaruh terhadap kegiatan dan kelangsungan Balai. Dalam perkembangannya, BPTU Sapi Aceh Indrapuri-NAD mengalami perubahan nomenklatur kembali pada tahun 2013 yaitu dengan SK Mentan Nomor: 56/Permentan/OT.140/5/2013 tanggal 24 Mei 2013, BPTU Sapi Aceh Indrapuri berubah namanya menjadi Balai Pembibitan Ternak Unggul dan Hijauan Pakan Ternak (BPTU-HPT) Indrapuri..